魔界側の動向に不振を抱いていた夢魔(むま)は、飯綱(いづな)の留守中に研究所FORX(フォークス)を襲撃。菊理(ククリ)を奪うと、三魔臣の残党を引き連れ、夢遊城(むゆうじょう)を舞台に乙女戦士への復讐劇を開始する。

城の人柱として拐(かどわ)かした少女たちを救うべくアイラ、ルナ、ヒビキは、罠と知りながらも夢魔の居城である夢遊城に別れて潜入し、三魔臣の残党を各個撃破していくが、ルナ、ヒビキは菊理の闇討ちに遭い、無惨に倒される。
アイラは夢魔との苦闘の末、あとを追って入城したミコトの援護によって戦いを制する。同じく、ルナ、ヒビキもミコトに行き倒れているところを発見され、九死に一生を得ていた。
夢魔を追い詰めたアイラたちであったが、それも手の内とばかりに菊理が呼び出される。かつて大敗を喫した因縁の相手との決戦が差し迫る中、夢魔に雇われた山海の妖魔連合によって城郭で入城規制に遭っていたアゲハ。

一方で、夢魔による魔界側への反逆を予期しなかったのはアイラたちだけではなかった。
事の発端を疑念に思いつつ、破壊されたラボの片付けをしていたとき飯綱はある異変に気づく。この一連の事件を裏で手引きしていた者とは…